Kolonoskopia je považovaná za mimoriadne bezpečné vyšetrenie, najmä ak ju vykonáva skúsený endoskopista. Výskyt závažných komplikácií je veľmi zriedkavý – pohybuje sa len v desatinách promile prípadov. V rukách odborníka ide o rutinný zákrok s minimálnym rizikom.
Niektorí pacienti netolerujú dobre prípravok na prípravu na vyšetrenie a môže u nich vyvolávať pocit na vracanie, nafukovanie alebo kŕče brucha. V takom prípade treba upovedomiť lekára, ktorý predpíše iné preháňadlo na prípravu.
Samotné komplikácie sú pri kolonoskopii našťastie vzácne (<1%). Medzi málo závažné patrí krvácanie po odbere vzoriek alebo iných zákrokoch na sliznici, mierna alergická reakcia na podané liečivá alebo príliš hlboké zaspatie po podaní tlmivých liekov. U pacientov s ochoreniami srdca alebo ciev sa môže v dôsledku stresu zhoršiť ich základné ochorenie.
Medzi vážnejšie komplikácie patrí silnejšie krvácanie (0,1-0,6%), ktorého výskyt môže stúpať po odstránení polypov (polypektómii) na cca 1,5%. V prípade pretrvávajúceho krvácania po kolonoskopii treba bez odkladu navštíviť lekára alebo centrálny príjem nemocnice. Najvážnejšou komplikáciou kolonoskopie je drobné prederavenie steny čreva počas vyšetrenia, takzvaná perforácia. Táto je našťastie veľmi zriedkavá a vyskytuje sa približne u 1 z 500 – 1000 kolonoskopií. Riziko stúpa ak sa odstraňujú polypy alebo ak je črevo veľmi silne zapálené. Perforácia sa môže prejaviť hneď po kolonoskopii alebo aj oneskorene do 7 dní príznakmi ako sú silnejúce bolesti brucha, zimnica, horúčka, vracanie, nevoľnosť. V prípade podozrenia na perforáciu je potrebné takisto bezodkladne vyhľadať lekára alebo centrálny príjem nemocnice.
